Μετά την έναρξη του 1ου παγκόσμιου πολέμου συνέγραψε ο Μαν, ενθουσιασμένος, όπως πολλοί άλλοι Γερμανοί συγγραφείς, από τα εθνικά συνθήματα και τους πολεμικούς στόχους της αυτοκρατορικής Γερμανίας, ένα καταδικαστικό κείμενο με τίτλο «Οι απόψεις ενός απολιτικού» ενάντια στον αδελφό του, Χάινριχ, ο οποίος ήταν ειρηνιστής και δημοκρατικός. Το 1924, με νέους προσανατολισμούς και συμφιλιωμένος με τον αδελφό του, δημοσιεύει ο Τόμας Μαν το μυθιστόρημά του «Το μαγικό βουνό». Αναγνωρίζει το δημοκρατικό πολίτευμα και τη «δημοκρατία της Βαϊμάρης», εκφωνεί λόγους υπέρ των σοσιαλδημοκρατών και αγωνίζεται κατά της ανόδου στην εξουσία των εθνικοσοσιαλιστών. Το 1929 απονέμεται στον Μαν το βραβείο Νόμπελ λογοτεχνίας. 

Το έτος 1933 εγκαταλείπει τη Γερμανία λόγω του ναζιστικού καθεστώτος και εγκαθίσταται αρχικά στη νότια Γαλλία, μετά στην Ελβετία και τελικά στις ΗΠΑ. Το 1936 δημοσιεύει στη Ζυρίχη πύρινα άρθρα κατά του Ναζισμού. Το χιτλερικό καθεστώς τού αφαιρεί τη γερμανική υπηκοότητα και, όπως συνήθως συμβαίνει σ' αυτές τις περιπτώσεις, το Πανεπιστήμιο της Βόνης του αφαιρεί τον τιμιτικό διδακτορικό τίτλο που του είχε απονείμει πανηγυρικά το 1919. Μέσα στο 1936 απονέμεται στον Τόμας Μαν τιμητικά η τσεχοσλοβακική υπηκοότητα. Στα χρόνια 1940-45 εκπέμπει από το σταθμό του BBC στα γερμανικά σχόλια για το ναζιστικό καθεστώς και τον πόλεμο. Το 1944 παίρνει την αμερικάνικη υπηκοότητα.

Μετά τον πόλεμο δεν δέχθηκε να επιστρέψει στη Γερμανία, επειδή θεωρούσε ότι υπήρχε «συλλογική ευθύνη» των Γερμανών για τα εγκλήματα του ναζιστικού καθεστώτος και επειδή δεν έβλεπε να εξαφανίζονται τα φαντάσματα του παρελθόντος από το δημόσιο βίο της χώρας. Το 1947 κυκλοφορεί το μυθιστόρημά του «Δόκτωρ Φάουστους». Το 1949 επισκέπτεται για πρώτη φορά μτά τον πόλεμο τη Γερμανία. Όταν το 1952 κατηγορήθηκε από ακροδεξιούς Αμερικάνους ότι είναι πράκτορας των κομμουνιστών, εγκατέλειψε την Αμερική και εγκαταστάθηκε στην Ελβετία, όπου πέθανε το 1955 σε ηλικία 80 ετών.