Μόλις ένα έτος αφού χρίστηκε το 1620 υποκόμης, έχασε λόγω διαφθοράς όλους τους τίτλους και απελύθη από κάθε δημόσια θέση που κατείχε. Τού επεβλήθη επίσης υψηλό χρηματικό πρόστιμο και γλύτωσε με πολλή τύχη τη φυλάκιση. Για την αναρρίχησή του είχε ταχθεί χωρίς αναστολές στις υπηρεσίες των ανακτόρων υπό τον Ιάκωβο Α' και είχε φτάσει μέχρι τη θέση του πρωθυπουργού.

Μονιμότερη ήταν όμως η παρουσία του στην επιστήμη και τη Φιλοσοφία. Ο Βάκων (Μπέικον) αγωνιζόταν σταθερά ενάντια στην εκκλησιαστική σχολαστική  «φιλοσοφία» και συνέθεσε ως αντίθεση τη μέθοδο της επαγωγής για την απόκτηση γνώσης. Με την απαίτησή του να πηγάζει η επιστήμη από την εμπειρία και μέσω αυτής να καταλήγει σε νόμους γενικής ισχύος, θεμελίωσε το φιλοσοφικό εμπειρισμό και έγινε πρόδρομος του προσανατολισμού των φυσικών επιστημών στην επιστημονική εμπειρία.

Και ως συγγραφέας δημιούργησε ο Βάκων ένα σημαντικό έργο. Το 19ο αιώνα θεωρείτο ως ο πραγματικός συγγραφέας των δραματικών έργων που κυκλοφόρησαν με το «ψευδώνυμο» Σαίξπηρ. Στο ουτοπικό μυθιστόρημά του «Nova Atlantis» περιγράφει ο Βάκων μία μελλοντική κοινωνία που είναι οργανωμένη στη βάση επιστημονικών αρχών.