Γεννήθηκε στον πύργο Roccasicca μεταξύ Ρώμης και Νάπολης, τελευταίο από 6 παιδιά. Οι γονείς του ήταν αριστοκρατικής καταγωγής. Ήδη στα 5 χρόνια του παραδόθηκε στο μοναστήρι Βενεδικτίνων στο Monte Cassino. Στη συνέχεια μετέβη για σπουδές στη Νάπολη. Ή εποχή εκείνη χαρακτηρίζεται από αντιδικίες και συγκρούσεις μεταξύ του πάπα και του αυτοκράτορα.

Ο Θωμάς Ακινάτης βγαίνει από ένα μεσαιωνικό μοναστήρι και συναντάει στην πόλη την καθημερινή ζωή, για την οποία δεν είχε ιδέα και στο Πανεπιστήμιο τον Αριστοτέλη. Έκτοτε εργάζεται για να προσαρμόσει τη φιλοσοφία του μεγάλου Έλληνα φιλοσόφου στη χριστιανική πίστη. Γράφει σχόλια σε όλα τα έργα του Αριστοτέλη, τα οποία εκδίδει σε 5 τόμους. Αυτή η επίδραση της αριστοτελικής φιλοσοφίας στην καθολική εκκλησία συνεχίζεται μέχρι σήμερα.

Ο Θωμάς προσχωρεί στο τάγμα των Δομινικανών και γίνεται ιεροκήρυκας και ιερωμένος αυτού του τάγματος επαιτίας. Σπουδαιότερο κίνητρό του ήταν να ζήσει με τα ιδανικά της φτώχιας και ταπεινότητας όπως την πρωτοχριστιανική εποχή. Ταυτόχρονα διατυπώνει όμως σκληρούς κανόνες για την αντιμετώπιση ανθρώπων που «παραστρατούν» θρησκευτικά - προσαρμόζοντας και βελτιώνοντας απόψεις του Αυγουστίνου: «Η αποδοχή της πίστης είναι προαιρετική, αλλά η διατήρησή της είναι απαραίτητη» =(Accipere fidem est voluntatis, sed tenere fidem iam acceptam est necessitatis). Απαιτεί δε για τους «αιρετικούς» τις ποινές του αφορισμού και του θανάτου. Αυτές οι απόψεις του Ακινάτη αποτέλεσαν το θεωρητικό υπόβαθρο για τη λειτουργία του «'Αγιου δικαστηρίου ενάντια στην αιρετική κακία» που λειτουργούσε ήδη από το έτος 1232 υπό τον έλεγχο των Δομινικανών και μετονομάστηκε μετά από περίπου 300 χρόνια (1542) σε «Ιερά Εξέταση».

Το 1245 αποστέλλεται ο Θωμάς Ακινάτης στο Παρίσι, όπου λειτουργεί ένα από τα σημαντικότερα Πανεπιστήμια της Ευρώπης και μελετάει θεολογικά και φιλοσοφικά κείμενα. Εδώ γνωρίζεται και με τον διάσημο Albertus Magnus, του οποίου γίνεται μαθητής και με τον οποίο πηγαίνει στην Κολωνία για να σπουδάσει. Στη Γερμανία γνωρίζει τη φιλοσοφία του νεοπλατωνισμού. Παρεμβάλλεται μια περίοδος περιπλανήσεων και διδασκαλιών και, τελικά, καταλήγει ο Θωμάς στη Σορβόνη ως διδάσκων πλέον. Τα συγγράμματά του χαρακτηρίζονται από την αναζήτηση της αλήθειας, περιέχουν δε και πολεμικά κείμενα για επίκαιρα θέματα της εποχής. Πέθανε σε ηλικία 50 ετών.